Данным блоком питания хочу запитать 12В мотор постоянного тока, МК на 5В, энкодер 3.3В.

ну огласи тогда токи нагрузок, диапазон входного напряжения, нужна ли развязка между разными напряжениями?

развязка не нужна. Токи нагрузки: 5В-20мА; двигатель12В - не мерил, но наверное за 100мА; энкодер3.3В - тоже не мерил, но думаю до 20мА.
Цель такая из 220 AC получить 12В, 5В и 3.3В по DC. И хотелось бы вспе это уместить в компактные размеры с КПД 70%. Не линейный, а импульсный БП.

Потребление двигателя измерь, а то бывает и за 500 ма. А это уже совсем другие сказки. А вообще, собирай на TOPSwitch серии, и будет тебе щастя. Кстати, торроидальный трансформатор на 7 Вт имеет сопоставимые размеры. А еще, если двигатель маложрущий,можно у зарядки от мобильника перемотать вторичку. Только выбирай ту, которая с оптроном.

Для эд. двигателя стабилизированное напряжение не надо. Значит берешь любой БП на 12В. Далее, с 12В понижаем импульсным до 5 и 3.3 В