Проблема координатного сверления корпусов при размещении в них плат решается путем сверления по шаблону. Шаблоном выступает сама плата с уже просверленными отверстиями.
Для выпаивания микросхем в DIP корпусе пользуюсь проверенной технологией . Которая дает неплохие результаты , сохраняя при этом как микросхему так и дорожки печатной платы .